Naast de vanzelfsprekende kwaliteitseindcontrole vóór de oplevering van de boot vinden er reeds van tevoren, na het doorlopen van iedere afzonderlijke afdeling (casco-bouw, verfafdeling, houtbewerking afdeling, montage afdeling), tussencontroles plaats om de kwaliteit zeker te stellen. De uitkomsten van deze controles, waarbij ongeveer 200 punten worden gecontroleerd, worden wekelijks door het management team besproken.

Aquanaut is de enige werf in Nederland, die schepen van deze grootte volgens het kwaliteit verzekeringssysteem bouwt en die het wereldwijd erkende ISO9001 certificaat heeft.