Neben der selbstverständlichen Qualitäts-Endkontrolle vor der Schiffsübergabe finden bereits vorher, nach Durchlaufen jeder einzelnen Abteilung, Zwischenkontrollen zur Qualitätssicherung statt - also nach jeder absolvierten Ausbaustufe (Kasko-Bau, Lackiererei, Holz-Innenausbau, Innenausbau/Montage). Die Ergebnisse dieser Prüfungen, bei denen rund 200 Punkte ständig geprüft werden, werden 1 x wöchentlich im Management-Team besprochen.

Aquanaut ist die einzige Werft in Holland, die Schiffe in dieser Größe nach dem Qualitäts-Sicherungssystem baut und die das weltweit anerkannte ISO 9001 Zertifikat hat.